Образована решением Свящ. Синода от 12 марта 2013 г. путем выделения из состава Екатеринодарской епархии. Включена в состав Кубанской митрополии. Объединяет приходы в административных границах Брюховецкого, Ейского, Калининского, Каневского, Кущевского, Ленинградского, Приморско-Ахтарского, Староминского, Тимашевского и Щербиновского районов Краснодарского края.
Правящему архиерею Синод постановил иметь титул «Ейский и Тимашевский».